Биоинформатика с Python, Книга рецептов, Современные библиотеки и приложения Python для решения реальных задач вычислительной биологии, Антао Т., 2023

Биоинформатика с Python, Книга рецептов, Современные библиотеки и приложения Python для решения реальных задач вычислительной биологии, Антао Т., 2023.

Биоинформатика – активная область исследований, в которой используется ряд простых и сложных вычислений для извлечения ценной информации из биологических данных. Из книги вы узнаете, как управлять этими задачами с помощью языка Python. Вы рассмотрите ключевые методы секвенирования нового поколения, анализа отдельных клеток, геномики, метагеномики, а также узнаете, как применяются алгоритмы машинного обучения в биоинформатике. Книга предназначена для аналитиков в области биоинформатики, специалистов по данным, вычислительных биологов, исследователей и разработчиков Python.




Уменьшение потребления памяти pandas DataFrames.
Когда вы имеете дело с большим объемом информации, например при анализе данных секвенирования полного генома, объем памяти вашего компьютера может стать ограничением для вашего анализа. Оказывается, что наивные pandas не очень эффективны с точки зрения потребления памяти, и мы можем существенно его сократить. В этом рецепте мы собираемся вернуться к нашим данным VAERS и рассмотреть несколько способов уменьшить потребление памяти pandas. Влияние этих изменений может быть огромным: во многих случаях снижение потребления памяти может означать разницу между возможностью использовать pandas или требованием более альтернативного и сложного подхода, такого как Dask или Spark.

ОГЛАВЛЕНИЕ.
Об авторе.
О рецензентах.
От издательства.
Предисловие.
Глава 1.Python и окружающее программное обеспечение.
Глава 2.Знакомство с NumPy, pandas, Arrow и Matplotlib.
Глава 3.Секвенирование следующего поколения.
Глава 4.Продвинутый процессинг данных NGS.
Глава 5.Работа с геномами.
Глава 6.Популяционная генетика.
Глава 7.Филогенетика.
Глава 8.Использование Protein Data Bank.
Глава 9.Конвейеры биоинформатики.
Глава 10.Машинное обучение в биоинформатике.
Глава 11.Параллельная обработка с Dask и Zarr.
Глава 12.Функциональное программирование в биоинформатике.
Предметный указатель.

Купить .








Теги: Антао :: книги по программированию :: программирование :: биология :: биоинформатика :: Python