Основы биоинформатики, Огурцов А.Н., 2013

Основы биоинформатики, Огурцов А.Н., 2013.

   Учебное пособие содержит материалы по основным вопросам курсов «Биоинформатика и информационная биотехнология» и «Биоинформатика и фармакоинформатика» в соответствии с программой подготовки студентов направления «Биотехнология».
Предназначено для студентов специальностей биотехнологического профиля всех форм обучения.




ОСОБЕННОСТЬ БИОИНФОРМАЦИОННЫХ ДАННЫХ.
Биологию традиционно считают описательной, а не аналитической наукой. Несмотря на то, что последние успехи науки не изменили это основное направление, радикально изменилась сущность биологических данных.

До последнего времени все биологические наблюдения носили в основном случайный характер, правда, с различным уровнем точности и некоторые были проведены действительно с очень хорошим качеством.

Первая особенность биологических данных последнего поколения исследований состоит в том, что данные стали не только количественными и более точными, но, как в случае нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, они стали дискретными.

Расшифровать геномную последовательность индивидуального организма или клона стало возможным не только полностью, но и, что принципиально, точно. Ошибки эксперимента никогда не могут быть полностью исключены, но для современного секвенирования генома они чрезвычайно низки.

ОГЛАВЛЕНИЕ.
Введение.
Раздел 1. Основания биоинформатики.
Глава 1. Предмет биоинформатики.
1.1. Особенность биоинформационных данных.
1.2. Цели и задачи биоинформатики.
1.3. Перспективы применения биоинформатики.
Глава 2. Инфраструктура биоинформатики.
2.1. Компьютерные компоненты биоинформатики.
2.2. Интернет-компоненты биоинформатики.
2.3. Биоинформационные данные, сети и базы.
Глава 3. Биологические последовательности.
3.1. Информация в молекулярной биологии.
3.2. Выравнивание биологических последовательностей.
3.3. Точечная матрица сходства.
Глава 4. Примеры сравнения данных.
4.1. Биологическая классификация и номенклатура.
4.2. Примеры биоинформационного анализа.
4.3. Поиск схожих последовательностей в базах данных.
Глава 5. Понятие "информация".
5.1. Определение понятия "информация".
5.2. Количество информации.
5.3. Свойства информации.
5.4. Генетическая информация.
Глава 6. Геномы и протеомы.
6.1. Геномика.
6.2. Картографирование генома.
6.3. Методы секвенирования ДНК.
6.4. Протеомика.
6.5. Структура белков и информация.
6.6. Биоинформатика в медицине.
Раздел II. Методы биоинформационного анализа.
Глава 7. Матрицы замен.
7.1. Мера сходства последовательностей.
7.2. Вес операций редактирования.
7.3. Матрицы РАМ.
7.4. Матрицы BLOSUM.
7.5. Вычисление счёта выравнивания последовательностей.
Глава 8. Алгоритмы выравнивания последовательностей.
8.1. Алгоритм динамического программирования.
8.2. Алгоритм глобального выравнивания.
8.3. Алгоритм локального выравнивания.
8.4. Приближённые методы быстрого поиска в базах данных.
8.5. Значимость выравниваний.
Глава 9. Множественное выравнивание последовательностей.
9.1. Визуализация результатов выравнивания.
9.2. Методы множественного выравнивания.
9.3. Скрытые марковские модели.
Глава 10. Филогенетический анализ.
10.1. Гомология.
10.2. Филогения и фенетика.
10.3. Кладистические методы.
10.4. Инструменты филогенетического анализа.
Раздел III. Информационные принципы в биотехнологии.
Глава 11. Секвенирование биологических последовательностей и экспрессия генов.
11.1. Открытая рамка считывания.
11.2. Определение сиквенса.
11.3. Ярлыки экспрессируемых последовательностей.
11.4. Экспрессия генов.
11.5. Анализ белковой экспрессии.
11.6. Использование результатов секвенирования.
Глава 12. Функционирование и организация геномов.
12.1. Проблемы анализа генов.
12.2. Локализация генов в геноме.
12.3. Геномы прокариот.
12.4. Геномы эукариот.
Глава 13. Анализ геномов.
13.1. Однонуклеотидные полиморфизмы.
13.2. Состав геномов.
13.3. Горизонтальный перенос генов.
13.4. Сравнительная геномика эукариот.
Глава 14. Анализ и предсказание белков.
14.1. Проблема расшифровки белковых структур.
14.2. Предсказание вторичной структуры белка.
14.3. Предсказание трёхмерной структуры белков.
14.4. Программы предсказания белков.
14.5. Проблемы в предсказании функции белка.
Глава 15. Биоинформатика в фармации.
15.1. Медицинская геномика и фармакогеномика.
15.2. Глобальная фармацевтическая промышленность.
15.3. Открытие и разработка лекарств.
15.4. Фармакоинформатика.
15.5. Компьютерная токсикология и иммуноинформатика.
Список условных обозначений.
Список литературы.



Бесплатно скачать электронную книгу в удобном формате, смотреть и читать:
Скачать книгу Основы биоинформатики, Огурцов А.Н., 2013 - fileskachat.com, быстрое и бесплатное скачивание.

Скачать pdf
Ниже можно купить эту книгу по лучшей цене со скидкой с доставкой по всей России.Купить эту книгу


Скачать - pdf - Яндекс.Диск.




Теги: учебник по биологии :: биология :: Огурцов :: биоинформатика