Задачи и решения по анализу биологических последовательностей, Бородовский М., Екишева С., 2008

Задачи и решения по анализу биологических последовательностей, Бородовский М., Екишева С., 2008.

   Данное издание является первым и единственным в своем роде задачником по биоинформатике, в котором богатая подборка задач сопровождается подробными решениями. Следуя структуре книги «Анализ биологических последовательностей» Дурбина Р, Эдди Ш., Крог А., Мигчисон Г. (НИЦ «РХД», 2006), авторы значительно расширяют набор поддающихся решению задач. Таким образом, обе эти книги представляют собой полноценный учебный комплект, который был опробован и одобрен в зарубежных университетах, и может успешно использоваться в российских вузах на соответствующих специальностях. Предлагаемый задачник способствует более глубокому пониманию теоретическою материала, изложенного в книге Р. Дурбина и др., а также позволяет освоить практические навыки рационального решения биологических задач, что является залогом успешных исследований в таких стремительно развивающихся областях науки, как биоинформатика и системная биология.




ПОПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ.
Понятие подобия последовательностей, возможно, является самым фундаментальным понятием анализа биологических последовательностей. Точно так же, как подобие морфологических признаков служило свидетельством генетических и функциональных отношений между видами в классической генетике и биологии, подобие биологических последовательностей могло бы во многих случаях указывать на структурную и функциональную консервативность среди эволюционно связанных последовательностей ДНК и белков. Введение биологически значимой количественной меры подобия последовательностей — счёта подобия — представляет собой далеко не тривиальную задачу. Ничуть не проще другая задача — разработка алгоритмов, которые могли бы при заданной системе очков найти выравнивание двух последовательностей с возможно лучшим счётом. Наконец, третий необходимый компонент вычислительного анализа подобия последовательностей — метод оценки статистической значимости выравнивания. Такой метод, устанавливающий предельные значения, в пределах которых наблюдаемые счета являются статистически значимыми, работает должным образом, как только статистическое распределение счетов подобия определено аналитически или же вычислительными методами.

Глава 2 «АБП» включает двенадцать задач, которые требуют знания концепций и свойств алгоритмов попарного выравнивания. Традиционно эта тема известна биологам лучше всего ввиду её огромного практического значения. И в самом деле, исследование любой последовательности начинается с поиска гомологичных последовательностей в базах данных с помощью программы BLAST. Эта программа основана на очень эффективном эвристическом алгоритме попарного выравнивания.

СОДЕРЖАЩИЕ.
Предисловие.
Введение.
ГЛАВА 1. ЗНАКОМСТВО С ПРЕДМЕТОМ.
1.1. Оригинальные задачи.
1.2. Дополнительные задачи.
1.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 2. ПОПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ.
2.1. Оригинальные задачи.
2.2. Дополнительные задачи и теория.
2.2.1. Получение матриц замен аминокислот (ряд ПТМ).
2.2.2. Распределения счетов подобия.
2.2.2.1. Теоретическое введение в задачи 2.19 и 2.20.
2.2.3. Распределение длины длиннейшего общего слова для нескольких несвязанных последовательностей.
2.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 3. МАРКОВСКИЕ ЦЕПИ И СКРЫТЫЕ МАРКОВСКИЕ МОДЕЛИ.
3.1. Оригинальные задачи.
3.2. Дополнительные задачи и теория.
3.2.1. Вероятностные модели последовательностей символов: выбор модели и оценка параметров.
3.2.2. Байесов подход к анализу состава последовательностей: модель сегментации Лю и Лоренса.
3.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 4. ПОПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ СММ.
4.1. Оригинальные задачи.
4.2. Дополнительные задачи.
4.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 5. ПРОФИЛЬНЫЕ СММ ДЛЯ СЕМЕЙСТВ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ.
5.1. Оригинальные задачи.
5.2. Дополнительные задачи и теория.
5.2.1. Различающая функция и максимальные различительные веса.
5.2.1.1. Теоретическое введение в задачу 5.11.
5.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 5. МЕТОДЫ МНОЖЕСТВЕННОГО ВЫРАВНИВАНИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ.
6.1. Оригинальная задача.
6.2. Дополнительные задачи и теория.
6.2.1. Алгоритм множественного выравнивания Каррилло-Липмена.
6.2.2. Прогрессивные выравнивания: алгоритм Фэна-Дулиттла.
6.2.3. Алгоритм выборки Гиббса для локального множественного выравнивания.
6.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 7. ПОСТРОЕНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ДЕРЕВЬЕВ.
7.1. Оригинальные задачи.
7.2. Дополнительные задачи.
7.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 8. ВЕРОЯТНОСТНЫЕ ПОДХОДЫ К ФИЛОГЕНИИ.
8.1. Оригинальные задачи.
8.1.1. Байесов подход к отысканию оптимальною дерева и алгоритм Мау-Ньютона-Ларге.
8.2. Дополнительные задачи и теория.
8.2.1. Связь между моделями эволюции последовательностей, описываемыми марковским и пуассоновским процессами.
8.2.2. Модель эволюции последовательностей Торна-Кисино-Фельзенштейна с заменами, вставками и удалениями.
8.2.3. Дополнительные сведения об интенсивностях замен.
8.3. Дополнительная литература.
ГЛАВА 9. ТРАНСФОРМАЦИОННЫЕ ГРАММАТИКИ.
9.1. Оригинальные задачи.
9.2. Дополнительная литература.
ГЛАВА 10. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ РНК.
10.1. Оригинальные задачи.
10.2. Дополнительная литература.
ГЛАВА 11. ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ СВЕДЕНИЯ ИЗ ТЕОРИИ ВЕРОЯТНОСТЕЙ.
11.1. Оригинальные задачи.
11.2. Дополнительная задача.
11.3. Дополнительная литература.
Литература.
Предметный указатель.



Бесплатно скачать электронную книгу в удобном формате, смотреть и читать:
Скачать книгу Задачи и решения по анализу биологических последовательностей, Бородовский М., Екишева С., 2008 - fileskachat.com, быстрое и бесплатное скачивание.

Скачать pdf
Ниже можно купить эту книгу по лучшей цене со скидкой с доставкой по всей России.Купить эту книгу


Скачать - pdf - Яндекс.Диск.




Теги: учебник по биологии :: биология :: Бородовский :: Екишева